Suomen kallioperästä yli 90% ovat piilossa erilaisten maalajien alla. Kallioperäkairausta käytetään kivinäytteiden saamiseksi kyseisiltä alueilta ja lisäksi selvittämään geofysiikan aineistoissa havaittavia poikkeamia. Geofysikaalisten aineistojen monitulkintaisuuden takia näiden ”anomalioiden” aiheuttaja voidaan lopullisesti varmistaa vain kairaamalla saatujen kivinäytteiden avulla.
Kooltaan tyypillinen kumitela-alustainen kairakone on suuren pakettiauton kokoinen. Kairattavien reikien syvyys vaihtelee tutkimusten tavoitteiden ja kohteen mukaan, mutta on tyypillisesti 100–300 metriä. Saatava näyte on halkaisijaltaan tavallisesti noin 5 senttiä. Nämä näytteet säilötään ja siirretään puulaatikoissa. Niistä otetaan moninaisia näytteitä geologisia jatkotutkimuksia varten. Projektin loputtua ne varastoidaan GTK:n hallinnoimaan valtakunnalliseen kairasydänarkistoon Lopelle.
Kairauksesta jää maanpinnalle jonkin verran huuhteluveden mukanaan tuomaa timanttiterän jauhamaa kivijauhoa, jonka koostumus vastaa alueen maaperän koostumusta. Kairapaikkoja valittaessa pyritään käyttämään mahdollisuuksien mukaan olemassa olevia ajouria. Metsän tiheydestä riippuen joudutaan kuitenkin usein kaatamaan vaihtelevia määriä puita koneen saamiseksi haluttuun paikkaan ja asentoon. Jos alueella ei ole voimassaolevaa malminetsintälupaa, kairausta tai muuta koneellista näytteenottoa ei voida suorittaa ilman maanomistajan antamaa lupaa. GTK tekee nämä luvat aina kirjallisesti ja samalla sovitaan mahdollisten vahinkojen korvauksista.
Kairakone on ainoa tapa saada varmuus geofysikaalisten anomalioiden aiheuttajista alueilla joilla kalliopaljastumia ei ole.
Kairasydännäytteitä lähes kaksi miljardia vuotta vanhoista sorista ja hiekoista. Näytteiden halkaisija on neljä senttiä.